破产法是兼实体法与程序法于一体的特别法。适用破产程序审理债务纠纷，与适用民事诉讼程序审理民事纠纷相比，有其显著的特点。
1、审理的方式不同。根据《意见》第46条和《规定》第73条第2款所作的司法解释，对破产企业债务人在法定期限内提出的异议，由人民法院作出裁定。按照上述规定，审理企业破产案中的债务纠纷，人民法院只需书面审理，尔后作出裁定即可。这是破产程序中职权主义的立法模式的体现。这种立法模式，强化了法官在破产程序中的职权，削弱了破产程序中涉案当事人的诉讼权利。审理破产案的合议庭，对破产案中涉案当事人提出的各种异议，对破产程序运作中出现的各种民事纠纷，均可以快刀斩乱麻的方式裁决了事。这对加快破产案的审理，提高办案效率的正面效应是不可否认的。但是，当破产企业债务人提出的异议及其所提供的证据，与清算组提出的主张及提供的证据争议较大，矛盾较多，合议庭难以辩明双方证据真伪，且对帐目难以作出结算时，如果不分青红皂白，贸然裁决，其负面效应也是不可低估的。
2、非完全独立之诉。破产程序中的债务纠纷，是企业破产案的案中之案，在很大程度上受破产案的影响和制约，具体表现在以下几个方面：⑴、破产程序中的债务纠纷，债权债务关系发生在债权方宣告破产之前，诉讼发生在债权方宣告破产，清算组向债务人发出清偿债务通知，债务人在法定期限内提出异议之后。破产财产管理人要求偿债之诉，伴随着企业破产程序中破产财产清理活动而开展。⑵、由审理企业破产案的同一审判组织——合议庭进行审理。⑶、以破产财产承担诉讼风险。如债务人败诉，债务人应支付的财产均由清算组收归为破产财产；如债务人胜诉，破产企业应支付的财产额即为债务人（已转化为债权人）申报的债权额。将按法定清偿顺序受偿。
民事诉讼中的民事纠纷，本案与他案之间彼此是独立的，审理和裁判时，法官只对本案的法律关系作出评价，不受他案的影响和制约。
3、诉的合并的条件不同。诉的合并有诉的主体合并和诉的标的合并。我国《民事诉讼法》（以下简称《民诉法》）第53条，对诉的合并作了三点限制。一是要求诉的主体的合并，必须符合“其诉讼标的是共同的”这一条件。也就是说，参加共同诉讼的当事人必须与引起诉讼的标的有关联。二是诉的标的合并，必须符合“诉讼标的是同一种类”的客观条件。三是必须符合“人民法院认为可以合并经当事人同意”的主观条件。此外，《民诉法》第126条，又作出了“原告增加诉讼请求，被告提出反诉，第三人提出与本案有关的诉讼请求，可以合并审理”的规定。
对破产程序中债务纠纷的审理，法律没有相关的诉的合并的规定。但笔者认为，破产法作为部门法又是程序法，不可能象专门的程序法那么细致。更何况我国现行的破产法尚在（试行）阶段。因此，在审理企业破产案中，当破产法规定不详时，慎重借鉴民事诉讼法的相关规定，以及运用诉讼法学的基本理论去尝试解决企业破产案中不同环节的现实问题，应当是无可厚非的。前文说过，破产程序中的债务纠纷，是由清算组向破产企业债务人发出清偿债务通知之后，引发的破产企业或其财产管理人与债务人之间债权、债务关系的争议。这种争议将债权人与债务之间所发生的民事法律关系，只要具有给付内容，不论其是何种民事法律关系，或何种诉的标的，都抽象地概括为债权债务关系。因此，在审理破产程序中债务纠纷的过程中，破产企业与其债务人之间，只要同时存在两个以上民事法律关系的争议，不管是借款关系、买卖关系、租赁关系或承包关系等等，不论同时存在多少种民事法律关系，也不论其标的是否同一种类，在实践中均采取先分别审理，再综合结算，最后并案裁判的方法处理。这种对诉的合并的审理方法，借鉴了民事诉讼程序中对诉的合并的法律依据，摒弃了民事诉讼程序中对诉的合并的客观和主观方面的制约条件。
4、裁判文书的形式和效力不同。审理破产程序中的债务纠纷，无论是书面审理还是开庭审理，其裁判文书是用裁定书的形式，而民事诉讼的裁判文书，裁定书只用于解决诉讼程序中的问题，对实体权益的处理是用调解书或判决书的形式。审理破产程序中债务纠纷的裁定书，具有一审终审的法律效力，当事人一方或双方如不服裁定，只能提出申诉，而不允许上诉。这与民事诉讼程序中对当事人争议的实体权益作出处理的判决书，其效力具有明显的区别。
5、权利义务具有不对等性。破产程序中债务纠纷的当事人双方的权利、义务具有不对等性。债权的受偿和债务的履行方面。按照破产法的相关规定，破产企业债务人与破产企业之间互有债权、债务时，可以等额抵消；如债务人负有债务时则应清偿；如经过审理债务人胜诉，经结算，破产企业成为债务人时，胜诉的债务人（已转化为债权人）只能同普通债权人一样申报债权，并按受偿顺序按比例受偿。如其享有优先权则例外。
对双方尚未履行合同的决定权方面。在破产程序运作中，清算组对企业破产宣告前尚未履行的合同，有权决定中止、解除或继续履行，而这种民事法律关系的相对人，则不能根据自己的意愿作出选择，完全处于被支配的地位。
